La Junta de Programación está encargada de la formulación y seguimiento de políticas, planes y programas en materia de programación, y de velar por el cumplimiento de los fines del Servicio Comunitario de Radiodifusión Sonora.
En la Junta de Programación de las emisoras comunitarias tienen derecho a participar las organizaciones sociales e instituciones del municipio por medio de un representante de cada una, de suerte que refleje la diversidad y pluralidad de los habitantes. La Junta de Programación ser? presidida por el director de la emisora.

Las funciones de este organismo de la Emisora San Buenaventura Estéreo son:
1. Velar porque la programación interprete el sentido democrático y pluralista de la emisora.
2. Plantear políticas tendientes a promover la participación social en la programación de la emisora.
3. Formular sugerencias sobre programas que respondan a las necesidades sociales del municipio.
4. Fijar criterios, en unión de las directivas de la emisora, para mejorar la calidad de la programación.
5. Aportar al diseño, elaboración e implementación del manual de estilo.
6. Presentar a los habitantes del municipio un informe anual acerca de la evaluación de los fines del Servicio Comunitario de Radiodifusión Sonora y la aplicación del manual de estilo, por parte de la emisora. Una copia de este informe, con soporte sonoro, debe ser enviada al Ministerio de Tecnologías de la Información y las Comunicaciones cuando la Junta de Programación considere pertinente.
7. Definir su propio reglamento y las demás funciones que considere, en armonía con el fin general que debe cumplir.